善良的女秘书本剧由四宗发生在香港，扣人心弦的真实刑案，带出四个令人惊惧的罪行。藉由一队重案组的警探办案实录贯穿而成，包括耸人听闻的「屯门色魔强奸案」，喧腾一时的桃色纠纷「溶尸案」，使市民提心吊胆的「大圈仔军火械劫案」，及「淫业大厦扫黄行动」案件，生动地描绘各阶层犯罪的人性丑恶。而编剧为了加强剧中人物与案件的关连性，特别穿插男女主角CID张兆军（林嘉华）、女CID丁兰（蓝洁瑛）、重案组总督察方伟（陶大宇）、扫黄组女总督察刘婉仪（梁婉静）及聂志华（张国强）一段微妙的五角感情关系，交错编织成属于都市人性化的实录档案。