小马宝莉故事设定在《哥斯拉2：怪兽之王》里哥斯拉和泰坦巨兽之间的惊天大战夷平了旧金山，以及确认怪兽是真实存在的现状后，凯特再次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁，她踏上了环球冒险之旅，以了解有关家人和名为“帝王”之神秘组织的真相。