善良的女秘书故事发生在1941年的中国，时值汪伪政府统治期间，军统特工顾晓梦（徐璐 饰）经过了不懈的努力和伪装终于成功打入汪伪政府内部。一名日军情报部高官的死让日方震怒，他们认为这一切都是一个代号为“老鬼”的地下党领导人策划实施的。