色999时光飞逝，物换星移，关外神鹰霍飞腾之子(山野大藏)带着师傅临终嘱托从东瀛来到中原。在济南城，约战了白三空。为达到不可告人的目的，白三空将计就计，利用和大藏的比武“诈死”。 一段悲痛之后外孙方宝玉决心努力学武，为外公报仇，于是前往渤海之滨面见紫衣侯。途中却被白水宫的王大娘抓住，酒楼外，天真聪明的宝玉施计让第一次来到岸上看什么都好奇的奔月救了自己，经历了偷马等，两人渐生情愫。　　武林豪杰们为了各自的目的都来到了渤海之滨面见退隐江湖的“天下第一剑客”的紫衣侯。与宝玉走散的王巅之女珠儿在一座破庙中遇到了无意间被一小孩刺伤的大藏，一路相处下来，两人渐渐有了说不清的感觉。　　五色帆船上，脱尘献上汗血宝马，希望紫衣侯能够去大宛国当国师，被紫衣侯一口拒绝；青木堡少主木郎神君向紫衣侯求取解药也被拒绝；只有“黄河狂侠”王巅几经劝服了紫衣侯为中原武林和大藏比武，最终大藏因下盘不稳中剑落入大海。　　见过白三空书信的紫衣侯收留了方宝玉后，一行人悄悄潜回侯家老宅。宝玉不满紫衣侯对待自己的方式，偷偷逃走了，任性倔强的奔月也随之一同离开。　　对脱尘一见钟情的木郎，从李子原等人手中解救了脱尘，二人一同赶回青木堡。被白水圣母搭救的大藏得知白水宫即将袭击青木堡，便风尘仆仆赶来。原来，在赶往渤海之滨的途中大藏与木郎已经建立了兄弟般的感情。　　离开渤海之滨后珠儿跟踪王巅被发现，侥幸逃脱后的她遇到了大藏，兴奋不已。大藏仍旧不放弃师傅寻找中原名剑的嘱托，约战赤松道长。而此时，隐藏在幕后的白三空与伪君子王巅商议设计让赤松败于大藏手下。交手后，大藏虽然杀了赤松，可是仍没有拿到“赤霄宝剑”，而且也身受重伤。“武林正派”人士前来追杀大藏，白水圣母再次搭救了他。看着昏睡中的大藏，假扮白水圣母的白艳烛情不自禁地忆起过往和霍飞腾的相识。　　发现有人跟踪，紫衣侯决定并分两路，由紫衣侯引开敌人，稍候在关外与宝玉、奔月汇合，解开宝玉的身世之谜。途中宝玉、奔月在危难之际被“酒肉池林”的金祖扬搭救。　　关外草棚内，李子源乘金祖扬和宝玉不在，把奔月给虏走。为救奔月，宝玉在金祖杨的指点下练就了盖世神功。　　大藏和珠儿假扮道人潜入白云观准备将木郎和脱尘救走，却被武当众人围住，珠儿施计让众人脱险，自己却被逮住。王巅让女儿为他卧底在大藏身边遭到拒绝，便下在珠儿体内种下了蛊惑。　　奔月在被带往白云观的途中被晴天大师所劫。为救奔月，宝玉追至少林。就在此时，少林晴空大师被白三空所杀，并嫁祸于武当。白水宫再次攻打青木堡，大藏、脱尘、木郎又一次被擒，并且暂时加入了白水宫。为救珠儿大藏决定再上白云观，白水圣母也同意协助。　　众豪杰为选取新的武林盟主齐聚白云观，为缓解各方矛盾，最终决定由方宝玉出战大藏。这一切也正是白三空、王巅等人一手策划的。然而这一战让珠儿和大藏、宝玉和奔月几位年轻人的感情陷入了无法收拾的僵局，王巅却登上了武林盟主之位。一些迹象让紫衣侯、金祖杨开始怀疑白三空和王巅等人。　　为救受伤的大藏和中毒的珠儿，紫衣侯和白水圣母，宝玉和大藏暂时放弃了过往的恩怨。宝玉带着珠儿去解毒，金祖杨提醒解毒后珠儿将失去记忆，珠儿害怕忘记大藏，偷偷逃走了。王巅表示要号令武林人士剿灭魔教，白水宫危难在其。紫衣侯在女儿奔月的请求下，留下来与白水圣母等共同迎战。一场激战后，大藏和木郎已经与大伙走散了，圣母和紫衣侯等人被逼进入沉香谷。为救脱尘和奔月，紫衣侯、圣母严重受伤，紫衣侯的温情让白艳烛感动，决定揭开面具。　　为找到珠儿的宝玉在白家老宅遇到了木郎，对他产生了怀疑，一路跟踪，发现木郎竟是朝廷的鹰犬。木郎摆脱不了宝玉，便对他下毒手。逃亡中的宝玉在沙漠中遇到了迷路的脱尘和奔月，奔月见到宝玉两人既兴奋又因白云观上的事情仍不能释怀。走出沙漠后，三人发现到处都是抓捕宝玉的通缉令，宝玉说出木郎的真正身份，脱尘并不相信。直到三人被擒，脱尘悲痛欲绝。　　木郎威逼利诱宝玉效命朝廷，为了奔月宝玉暂时同意了。宝玉奔月出狱后，遇到了受伤的白艳烛和紫衣侯，同时也知道了自己的真正身世。一时间难以接受紫衣侯就是自己的杀父仇人，宝玉便带着奔月离开了。他们在庵堂见到了已经失忆的珠儿和无意间发现珠儿而留下来的大藏。四人相见，不免又勾起了过往的恩恩怨怨。就在此时，奔月被木郎再次绑架了。木郎给了宝玉三个月的期限，拿白艳烛和紫衣侯的人头救奔月。此时，紫衣侯和白艳烛二人为寻找宝玉、奔月前往了云南，在酒肉池林，宝玉、金祖扬、紫衣侯、白艳烛再次相遇。　　为了寻找宝剑，珠儿跟随大藏再次上路，途中发现了李子原，他们一路跟踪，遇到了宝玉。三人决定跟随白三空找到木郎救出奔月。　　感觉到木郎等人很快就要来到，金祖杨、紫衣侯和白艳烛决定前去寻找剑阁，保护天下名剑。　　众人都齐聚到了传说中的罗雅古城，为此所有恩怨都要在这里了结，一战恶战就这样展开了。千钧一发时刻，木郎神君死在了心爱的女人的剑下，脱尘也悲凉地自杀了。大藏和宝玉面对二人原来是同母异父的亲兄弟，心情复杂。　　三个月后，宝玉，大藏在剑阁前一场决斗。没想到大藏的“长光”被宝玉砍断，里面露出师傅左佐木次郎的遗书，讲出了大藏的身世之谜。　　大藏终于将“干将、莫邪”两把宝剑送回给了他的亲生父亲：霍飞腾。远处看到这一切的宝玉和奔月高兴上路，向未来奔去。