女医生的秘密故事的主人公张海军是一名大陆军官，在一个与世隔绝的地方---月牙岛当连长；孙馥香是一名香港富豪的女儿，就读于北京一所名牌大学。两人在军训中结识。在教官张海军离去的那晚，阿香表明了心迹。但当时张已经有了女朋友。可是没多久，他的女朋友却为了金钱与他分手。而阿香却对他痴心不改。并在毕业后，拒绝长辈安排的一门门当户对的亲事，对方是她的大学同学，一直对他很好。但她却毅然跑回大陆，找到部队，并当着领导的面向海军表明她的决心，表示自己会是一个合格的军嫂。会包容他的缺点，爱护他，尊重他。海军终于被感动。答应交往。　　与此同时，海军的前女友竟然阴差阳错般地加给了阿香的父亲（阿香的母亲已经过世多年）。但在她的心底对海军仍然存有感情。但是她是一个贪财的女人。嫁给孙伯父后，又跟孙伯父生意上的朋友---------一名美籍华人勾结在一起。　　海军慢慢地爱上了阿香，爱的真诚而炽烈。在阿香第二次去大陆看海军的时候，海军在无意之中看到了她的证件，得知他是香港富豪的独生女儿后，以为中国大陆军人不能跟香港同胞结婚，两人伤心至极。后来找到领导，得到的答案竟然是：政府鼓励大陆军官跟香港同胞联姻。悲极生乐！　　虽然两人情深意重，但是阿香的父亲孙伯父不同意自己的女儿远嫁大陆军人，他有那么大的一份家业需要阿香来继承，他不愿意女儿走那么远。并竭力想把女儿嫁给他的华裔朋友。但是阿香坚决不同意。她又跑到大陆去看海军。父亲和爱人让她左右为难。迫不得已，她提出让海军离开月牙岛，去大城市工作，以他父亲的能力，完全可以办得到。海军不同意。在月牙岛有着落落余辉的大海边，阿香大声说：张海军，你是天底下最大的傻瓜！海军一拳打在身边的石头上，满手是血！　　阿香走了。海军也在母亲的劝说下，开始相亲。但是那些世俗而势力的女人，怎能比的上阿香？每一次相亲，都是无疾而终。在这次阿香离开月牙岛回家的途中，海军送了她。在一条小船上，两人遇到暴风雨的袭击，生死存亡之际，阿香无奈地大喊：老天啊，为什么给我一段这么痛苦的初恋？海军无语。阿香回到家中，被父亲囚禁在一间小屋里。他试图忘记过去，试图按父亲的意思去做，但是她忘不掉张海军。终于，她威胁父亲，如果不同意她去大陆，她就一死了之。父亲无奈，只能放她走。重逢的时候，阿香选了绿色的婚纱，终于携着他心爱的人，在特殊的地方----月牙岛军营，举行了此生难忘的婚礼。　　世界上总有那么些可恶的人。在阿香和海军度蜜月的时候，海军的前女友制造的一起车祸，阿香和海军双双受伤入院。不同的是，阿香被送往的香港，而海军被留在大陆的医院治疗。醒来后，这个可恶的女人告诉阿香（阿香不知道他就是海军的前女友）：因为大陆的医疗条件比较差，海军因医治无效死亡了。同时，她又让他以前在大陆的朋友告诉海军：阿香因伤势太重死亡了。　　新婚燕尔，却发生这样的悲剧，对于两个相爱甚深的人来说，无疑是致命的打击。阿香和海军在不同的空间里，黯然神伤。一段时间之后，阿香发现自己怀孕了。是海军的骨肉！可是孩子爸爸呢？海军呢？已经永远的离开了他们母子。为了不让孩子一生下来就没有父亲，为了给他一个完整的家，阿香无奈同意了父亲的安排，准备家给那个华裔。婚礼在教堂如期举行，华裔已经说完第三个“我愿意”，但是阿香的最后一个“我愿意”却始终说不出口。直觉告诉他，海军还没死。最起码在没有亲眼看到他的骨灰之前，她不愿意相信这一切都是既定的事实。她脱下婚纱，准备飞往大陆。但是，那个华裔却派来杀手要谋杀她。好不容易逃脱之后，她立即奔赴机场。　　阿香来到海军所在城市的已故人员档案馆，查海军的资料，查到了一个同名同姓的，但年龄不符，不是海军！希望在心中燃起！她又来到管辖海军在月牙岛所在连的总部，找曾经帮助过他的那位领导，通信员给她到了一杯水，让她在楼梯转角的椅子上等。然后自己帮她找人去了。　　慢慢地，楼梯下走上来一个人，一个军人，一个低着头的军人，一个无精打采、憔悴不堪的军人！没有抬头，只是看着路，慢慢的转过转角，上楼梯。这个身影如此熟悉！这个身影如此亲切！这个身影让人如此魂牵梦绕！“啪！”水杯掉在地上，惊醒的何止两个人！“海军！”梦里无数次泪眼以对，无数次呼喊着的名字，终于响在耳畔。问者慢慢回过头，似乎不敢相信。慢慢地，四目相对，看清了，真的是！任何语言都是多余。拥抱，真真切切的拥抱才能解释一切！这种劫后重生的喜悦。　　一年以后，阿香的父亲送她到大陆。阿香手抱孩子，走出机舱，缓缓走向海军。地上，撒落的是月亮的光华。“国泰民安，花好月圆。”一名大校微笑着感叹。一个可爱的小生命从此有了一个美好的名字：张圆圆。