善良的女秘书故事主要围绕何家与胡家三代人日常的点点滴滴展开。胡小妮在事业与家庭的平衡中产生了反思，最终将天平维持在了“女主外，男主内”那一边；何向南在网约车行业里感受着人间百态，既有温暖，也处处存在着苦恼；胡非与何颜的感情状态有了新进展，咖啡馆正常营业中；何星辰与胡晓月这对性格迥异兄妹俩谁都离不开谁，与此同时，老胡夫妇也老有所乐，体会着生活的美好。家庭成员们时而平淡温馨，时而鸡飞狗跳，有勇气，有热情，充满希望地投入到接下来的生活当中。